El origen de la parroquial de Mora se remonta a finales del siglo XII o principios del XIII, siendo su fábrica actual del último tercio del siglo XIV. Este templo gótico es símbolo del poder y la pujanza económica del señorío de Mora en la Baja Edad Media. En el año 1454 fue elevada al rango de Colegiata gracias al patrocinio de Juan Fernández de Heredia V, rango que ostentó hasta 1851. En 1544 el templo sufrió un incendio que destruyó la biblioteca y el archivo, atribuyéndosele a Pierres Vedel (1549) una intervención posterior.
Considerada el mejor ejemplo de iglesias aragonesas con planta de una nave y capillas hornacinas, su cabecera es de triple ábside poligonal de cinco lados con la presencia de contrafuertes exteriores. Su nave tiene unas dimensiones monumentales (36 metros de largo, 21 de alto y 19 de ancho), lo que la convierte en la segunda más ancha de España en su género. Se encuentra cubierta con bóveda de crucería sencilla, salvo el tramo de los pies que presenta bóveda de crucería estrellada. En la primera capilla del lado del Evangelio se conservan las laudas sepulcrales góticas de Juan Fernández de Heredia (V) y de Francisquina Barfaji (no será Bardají) y Moncayo, de finales del siglo XV, con representación yacente de los difuntos. También es de esa misma centuria la reja que cierra el coro.
Adosado al lado Norte del templo se encuentra el claustro, construido a finales del siglo XV, y que tienen indudables puntos en común con la galería superior del patio del Castillo.
Al exterior la iglesia muestra un aspecto macizo, con sus sillares bien escuadrados y los gruesos contrafuertes que sostienen la colosal nave. El repertorio escultórico de su interesante portada se encuentra muy deteriorado, aunque mantiene muchos detalles que demuestran su excelente ejecución. Ya muy posterior resulta la torre, fechada en el siglo XVII y la barroca capilla de la Virgen del Pilar.