La primera referencia al topónimo «Alcota» aparece en el Llibre del Repartiment de Valencia,en la donación de la villa y castillo de Jérica al concejo de Teruel en 1238, pudiendo corresponder a un antiguo núcleo de población andalusí. La repoblación cristiana de esta pequeña aldea dependiente de Manzanera (que llegó a ser municipio independiente entre 1843 y 1845), puede remontarse a las últimas décadas del siglo XIII o la primera mitad del siglo XIV.
Alcotas se asienta en una loma estrecha y alargada, situada en una amplia hoya, delimitada por la Sierra del Toro, en los confines de Aragón con el antiguo Reino de Valencia.
Aparentemente, los únicos restos medievales visibles son los asociados a la fase más antigua de la iglesia. Parte del entramado urbano del Barrio Bajo podría datar de ese momento. Se encuentra articulado por la antigua calle Mayor (actual calle Cañamares), que desemboca en la plaza de la Iglesia o Mayor, donde se encuentra el templo parroquial; éstos pudieron ser los elementos que organizaran el núcleo bajomedieval; de ambos viales parten una serie de callejones estrechos e irregulares (Cabezo, Rincón, Escuela …), algunos de los cuales penetran en el interior de las manzanas y no tienen salida. Las manzanas resultantes son muy irregulares, al igual que las parcelas, lo que refleja una larga y compleja evolución basada en un crecimiento orgánico del núcleo de población. En 1581, las «massadas» de Alcotas contaban ya con 36 casas, además de «cinco massadas al derredor», con 200 «personas de comunión», cifras indicativa de la entidad que ya debía tener a finales de la Edad Media.
Como contrapunto al desorden del espacio urbano, los campos circundantes se encuentran perfectamente organizados en parcelas estrechas y alargadas, características de los parcelarios bajomedievales.